代謝體學主要的目標為「定量的研究生命系統對病理、生理刺激或基因突變的動態代謝體反應 (代謝物)」， 主要著重於從細胞、器官或有機體的代謝過程中所產生的許多小分子代謝物。透過分析這些代謝體產物，可了解在特定的時間內細胞/器官/組織的生理機能。代謝體分析能夠預測最接近的表現型式，可以很容易地觀察其對疾病、營養、藥物治療和基因突變的立即影響。代謝體的分析最強大的能力在於是直接透過分子結構說明一切變化，因此生理狀態的改變、強調重點或是異常都可以透過特徵描述及生物標記來確認。而辨識出來的生物標記亦可以引導出更先進的技術用來作為疾病診斷和預測的假設。
